| Eil. Nr. | Komanda | Žaist. rungt. | Perg. | Lyg. | Pra. | Įvarčių santykis | Įvar. skirt. | Taškai |
| 1. | Anykščių FSK "Anykščiai"
| 15 | 9 | 4 | 2 | 33:8 | 25 | 32* |
| 2. | Utenos FK AUTO1 LOGISTICS | 16 | 6 | 4 | 6 | 21:21 | 0 | 22 |
| 3. | Visagino FK "Inter AE"
| 15 | 6 | 4 | 5 | 30:28 | 2 | 22 |
| 4. | Utenos FK "Utenis" | 15 | 5 | 6 | 4 | 21:18
| 3 | 21 |
| 5. | FSK "Ignalina"
| 15 | 4 | 8 | 3 | 23:25 | -2 | 20 |
| 6. | Rokiškio FK "Pipirini"
| 15 | 4 | 5 | 6 | 23:29
| -6
| 19* |
| 7. | Kupiškio FC "Narjanta"
| 15 | 5 | 3 | 7 | 19:28 | -9 | 18 |
| 8. | Švenčionių FK "Kūna" | 15 | 4 | 4 | 7 | 21:23 | -2 | 16 |
| 9. | Utenos "FK-2003"
| 15 | 4 | 3 | 6 | 26:32 | -6 | 16 |
*FK "Pipirini" bei FSK "Anykščiai dėl pavyzdingų infrastruktūros reikalavimų 2009 m. sezone, vykdomojo komiteto sprendimu 2010 m. pirmenybėse gauna atitinkamai po 2 ir 1 taškus.
Rezultatyviausieji pirmenybių žaidėjai:
| Eil. nr. | Vardas ir pavardė | Komanda | Įv. sk. |
| 1 | Edgaras Kairys
| "FK-2003"
| 12 |
| 2 | Vaclav Komar | FK "Kūna" | 12 |
| 3 | Igor Zabyvaev
| FK "Inter AE"
| 10 |
| 4 | Artiomas Parachonka | FSK "Anykščiai
| 8 |
| 5 | Andrius Prunskus
| FK "Pipirini"
| 8 |
| 6 | Darius Braziulis
| FK "Utenis"
| 7 |
| 7 | Edgaras Panavas
| FSK "Ignalina" | 7 |
| 8 | Marius Cvetkovas
| FK AUTO1 LOGISTICS | 6 |
| 9 | Agnius Sadauskas
| FK "Pipirini"
| 6 |
| 10 | Michail Buško
| FK "Inter AE"
| 5 |
